دوره اول

سابقه حوزه علميه تهران به عصر صفوى برمى گردد چه قبل از آن روستايى بيش نبوده است و با يورش مغول به شهر رى مردم در روستاهاى اطراف از جمله تهران سكنى گزيدند و همين امر باعث رونق تهران و موجب پيدايش مدارس دينى در اين ديار شد برخى گويند تهران از زمان شاه طهماسب مورد توجه قرار گرفت وى در سال 961 فرمان داد تا بارويى گرد اين شهر بسازند و به عدد سوره هاى قرآن كريم صد و چهارده برج براى بارو در نظر گرفته شود.
مدرسه ها:
1 – امامزاده زيد 2 – حكيم هاشم 3 – خانم – خواهر شاه طهماسب 4 – پامنار از جمله مدارسى هستند كه در عهد صفوى در تهران تاسيس و به فعاليت مشغول شدند.

دوره دوم

از حوزه تهران در عهد قاجار واقع شده كه برخى از رجال سياسى و شخصيتهاى اجتماعى به تاسيس مدارس در اين شهر همت گماشتند.
از جمله موضوعاتى كه در اين دوره به چشم مى خورد خود باختگى رجال سياسى در قبال فرهنگ غرب است كه ريشه هاى آن در ضعف بنيه دينى رژيمهاى سياسى و رجال حكومتى است. فقر اقتصادى نيز به عنوان عامل ديگر باعث شيوع فرهنگ مهاجم است كه با دادن امتيازات و قراردادهاى و تاسيس مدارس خارجى فرهنگ غرب در ايران اسلامى شيوع مى يابد.
حوزه فلسفى تهران
با ورود انديشه هاى غربى در زمينه تجدد و دين زدايى از طريق اساتيدى كه در ايران تدريس مى كردند و يا از طريق اعزام دانشجو به خارج و ترجمه برخى متون خاصى كه دين را مورد حمله قرار داده بود فيلسوفان و متفكران اسلامى را بر آن داشت تا به مقابله با تهاجم فرهنگى غرب برخيزند و از آنجا كه اين سخنان در تهران به عنوان پايتخت شايع بود و از آنجا به شهرهاى ديگر انتقال مى يافت انديشه مندان اسلامى با تقويت حوزه فلسفى تهران به مقابله با ترفندهاى دين زدايان غرب پذير برخاستند.
به تقاضاى محمد حسين خان مروى حكيم نورى،«ملا عبد الله زنوزى » را براى تدريس فلسفه به تهران فرستاد و از اين زمان مركزيت حوزه فلسفى از اصفهان به تهران انتقال يافت.
«آقا محمد رضا حكيم قمشه اى » نيز كه از اعاظم حكما و اساطين عرفان محسوب مى شد ده سال آخر عمر شريفش را با تدريس در مدرسه صدر به پايان رساند.
«ميرزا ابوالحسن جلوه » از ديگر فلاسفه و مدرسين فلسفه در تهران است كه سالهاى متمادى به تدريس حكمت اشتغال داشت.
پس از سه مدرس نامدار حكيم قمشه اى، آقا على مدرس و جلوه شاگردان ايشان حوزه فلسفى تهران را داير نگاه داشتند كه مى توان به موارد زير اشاره كرد: – ميرزا هاشم اشكورى رشتى – ميرزا حسن كرمانشاهى – ميرزا شهاب الدين نيريزى شيرازى – ميرزا على اكبر حكمى يزدى قمى – حاج شيخ عبد النبى نورى – ملا محمد هيدجى زنجانى
«ميرزا على اكبر حكمى يزدى قمى » پس از ورود مجتهد بزرگ حضرت آية الله العظمى شيخ عبد الكريم حائرى به قم مهاجرت نمود كه حضرت امام خمينى، آية الله سيد محمد تقى خوانسارى و آية الله سيد احمد خوانسارى از وى فلسفه و حكمت آموختند.
در امتداد حوزه فلسفى تهران «آية الله ميرزا محمد على شاه آبادى »، «آية الله شيخ محمد تقى آملى » «آية الله ميرزا احمد آشتيانى » «آية الله سيد ابوالحسن رفيعى قزوينى »، «آقا شيخ محمد حسين فاضل تونى »، «سيد محمد كاظم عصار» به تدريس فلسفه پرداختند تا نوبت به «علامه ميرزا ابوالحسن شعرانى » و «علامه ميرزا مهدى الهى قمشه اى » رسيد.
هر چند حضور فلاسفه اسلامى در تهران مؤثر بود و به شبهات و القائات پاسخ داده مى شد ليكن در سالهاى اخير كه رژيم پهلوى با ترويج مكاتب فلسفى غرب به اسلام ستيزى برخاسته بود لازم مى نمود تا شيوه تدريس فلسفه تغيير يابد. لذا متفكران دردمندى چونان «علامه شهيد آية الله مطهرى »، «دكتر محمد جواد باهنر»، «دكتر محمد مفتح »، «دكتر سيد محمد حسينى بهشتى »، «علامه محمد تقى جعفرى »، «استاد جلال الدين همايى » و «علامه ميرزا مهدى الهى قمشه اى » با حضور در دانشگاه و ارتباط نزديك با جو حاكم بر جامعه دانشجويى و آشنايى با شيوه هاى اسلام زدايى رژيم منحوس پهلوى در سبكى جديد به مقابله با انديشه هاى باطل كه از مادى گرى تجربه گرايى و مكاتب نظير آن ريشه مى گرفت، برخيزند كه برخى با استقامت در راه و با شهادت خويش، صحيح بودن انديشه و تفكر اسلامى و غير منطقى بودن تفكر غرب را به اثبات رساندند.
شهيد راه عقيده
«علامه شهيد آية الله مرتضى مطهرى » از سال 1331 ش. با هجرت به تهران و تدريس در دانشگاه تهران و همكارى با گروه ها و انجمنهاى اسلامى به پيروى از استاد الهى اش حضرت آية الله امام خمينى به احياى انديشه اسلام و تفكر شيعى قيام نمود تا رابطه عقل و وحى و علم و دين را روشن نموده به دغدغه ها و وسواسها پاسخ گويد شيوه او سبك فلسفه مدرسى تنها نبود. وى چونان طبيب حاذقى به بالين بيمار حاضر مى شد و پس از تشخيص بيمارى به معالجه آن اقدام مى نمود چهره دين را از زنگارها مى پيراست و خرافه زدايى مى كرد با مسايل كلام جديد و فلسفه آشنا بود و با بحث و تدريس فلسفه تطبيقى، مسايل فنى و تخصصى فلسفه و كلام را مورد بررسى قرار مى داد.
پس از شهادت استاد مطهرى و ياران و همسنگران دانشگاهى اش چون آية الله شهيد دكتر مفتح، دكتر بهشتى و دكتر باهنر، جمعى از فضلاى حوزه علميه قم جهت تداوم راه شهدايى كه خون حوزه را با دانشگاه پيوند دادند در دانشگاههاى سراسر كشور به تدريس مبانى فلسفى و كلامى اسلام همت گماردند.
مرحوم «استاد فرزانه آية الله شيخ محمد تقى جعفرى » از ديگر فلاسفه و متكلمين حوزه تهران بود كه با تلاشى مستمر به تاليف بنيادى و نقد و بررسى آراى فيلسوفان غرب پرداخته و حوزه فلسفى تهران را رونق بخشيد.

دوره سوم

اين دوره با پيروزى انقلاب اسلامى ايران آغاز گشته است و از آنجايى كه اين انقلاب ريشه دار و فرهنگى بوده پس از پيروزى، نهضتهاى فرهنگى به وجود آورده و در رشد و تعالى جامعه اسلامى كوشيده است از آن جمله: 1 – نهضت حفظ قرآن كريم 2 – نهضت حفظ نهج البلاغه 3 – نهضت مدرسه سازى 4 – نهضت تاسيس دانشگاه اسلامى حوزه علميه تهران نيز از اين نهضت بهره برده و به تاسيس مدارس و حوزه هايى اقدام نمود كه مى توان به دو مركز عمده اشاره كرد: 1 – مدرسه عالى شهيد مطهرى 2 – حوزه علميه شهيد شاه آبادى
دروس اين دو مدرسه دروسى است كه از كتب حوزه هاى شيعه در فقه و اصول و كلام و فلسفه و منطق و كتبى در روانشناسى و جامعه شناسى و زبانهاى خارجى و غير آن كه در حقيقت تلفيقى است از علوم اسلامى و علوم انسانى كه در دانشگاه هاى ايران و خارج از كشور مورد بحث و بررسى است.
مدرسه عالى شهيد مطهرى پس از گذشت چند سال از انقلاب اسلامى از طريق كنكور، دانشجويان خود را پذيرش مى نمايد و به آنها مدرك تحصيلى مى دهد. ليكن حوزه عليمه شهيد شاه آبادى امتحان ورودى اختصاصى دارد كه از طريق رسانه هاى گروهى اعلام مى گردد. مؤسس اين حوزه شهيد حجة الاسلام و المسلمين حاج شيخ مهدى شاه آبادى است.
حوزه علميه تهران هم اكنون از وجود رهبر معظم انقلاب اسلامى حضرت آية الله خامنه اى بهره مى برد ايشان به تدريس فقه جعفرى در اين حوزه مشغولند و رونق خاصى به حوزه علميه اين شهر بخشيده اند تشنگان علوم اهل بيت(ع) با برخوردارى از چنين استاد فرزانه اى از فقه استدلالى ايشان بهره برده، با معدن وحى و زلال معرفت آشنا مى گردند.
به نقل از پایگاه اطلاع رسانی تبیان