وصیت اینجانب به حوزه‌های مقدسة علمیه آن است که کراراً عرض نموده‌ام که در این زمان که مخالفین اسلام و جمهوری اسلامی کمر به براندازی اسلام بسته‌اند و از هر راه ممکن برای این مقصد شیطانی کوشش می‌نمایند، و یکی از راههای با اهمیت برای مقصد شوم آنان و خطرناک برای اسلام و حوزه‌های اسلامی نفوذ دادن افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه است، که خطر بزرگ کوتاه مدت آن بدنام نمودن حوزه‌ها با اعمال ناشایسته و اخلاق و روش انحرافی است و خطر بسیار عظیم آن در درازمدت به مقامات بالا رسیدن یک یا چند نفر شیاد که با آگاهی برعلوم اسلامی و جا زدن خود را در بین توده‌ها وقشرهای مردم پاکدل و علاقه‌مند نمودن آنان را به خویش وضربة مهلک زدن به حوزه‌های اسلامی و اسلام عزیز و کشور در موقع مناسب می‌باشد. و می‌دانیم که قدرتهای بزرگ چپاولگر در میان جامعه‌ها افرادی به صورتهای مختلف از ملیگراها و روشنفکران مصنوعی و روحانی نمایان که اگر مجال یابند از همه پرخطرتر و آسیب رسانترند ذخیره دارند که گاهی سی ـ چهل سال با مشی اسلامی و مقدس مآبی  یا «پان ایرانیسم» و وطن پرستی و حیله‌های دیگر، با صبر و بردباری در میان ملتها زیست می‌کنند و در موقع مناسب مأموریت خود را انجام می‌دهند. و ملت عزیز ما در این مدت کوتاه پس از پیروزی  انقلاب نمونه‌هایی از قبیل «مجاهد خلق» و «فدایی خلق» و «توده‌ای‌»ها و دیگر عناوین دیده‌اند، و لازم است همه با هوشیاری این قسم توطئه را خنثی نمایند و از همه لازمتر حوزه‌های علمیه است که تنظیم و تصفیة آن با مدرسین محترم و افاضل سابقه‌دار است با تأیید مراجع وقت. و شاید تز «نظم در بی‌نظمی» است  از القائات شوم همین نقشه‌ریزان و توطئه گران باشد.

در هرصورت وصیت اینجانب آن است که در همة اعصار خصوصاً درعصر حاضر که نقشه‌ها و توطئه‌ها سرعت و قوّت گرفته است، قیام برای نظام دادن به حوزه‌ها لازم و ضروری است؛ که علما و مدرسین و افاضل عظیم‌الشأن صرف وقت نموده و با برنامة دقیق صحیح حوزه‌ها را و خصوصاً حوزه علمیة قم و سایر حوزه‌های بزرگ و با اهمیت را در این مقطع از زمان از آسیب حفظ نمایند.

و لازم است علما و مدرسین محترم نگذارند در درسهایی که مربوط به فقاهت است و حوزه‌های فقهی و اصولی از طریقة مشایخ معظم که تنها راه برای حفظ فقه اسلامی است منحرف شوند، و کوشش نمایند که هر روز بر دقتها و بحث و نظرها و ابتکار و تحقیقها افزوده شود؛ وفقه سنتی که ارث سلف صالح است و انحراف از آن سست شدن ارکان تحقیق و تدقیق است، محفوظ بماند و تحقیقات بر تحقیقات اضافه گردد. و البته در رشته‌های‌ دیگر علوم به مناسبت احتیاجات کشور و اسلام برنامه‌هایی تهیه خواهد شد و رجالی در آن رشته تربیت باید شود. و از بالاترین و والاترین حوزه‌هایی که لازم است به طور همگانی مورد تعلیم و تعلم قرار گیرد، علوم معنوی اسلامی [است]، از قبیل علم اخلاق و تهذیب نفس و سیر و سلوک الی الله ـ رزقنا الله و ایاکم ـ که جهاد اکبر می باشد.